Δυστυχώς, καμία από τις προσεγγίσεις που προαναφέρθηκαν δεν αντιμετωπίζει το αίτιο της αλλεργίας. Η μόνη θεραπευτική προσέγγιση που αντιμετωπίζει την αλλεργία στη βάση της καθώς τροποποιεί το ανοσοποιητικό σύστημα του ασθενούς προς όφελός του είναι η ανοσοθεραπεία.
Η ανοσοθεραπεία ή θεραπεία απευαισθητοποιήσεως (αλλεργικά εμβόλια) αφορά σε δύο κύριες περιπτώσεις: την αναπνευστική αλλεργία (δηλαδή την αλλεργική ρινίτιδα/επιπεφυκίτιδα και το αλλεργικό άσθμα) και την αλλεργία σε υμενόπτερα (μέλισσες και σφήκες).
Με την ανοσοθεραπεία επιχειρείται η πλήρης ύφεση του προβλήματος (ρινίτιδας και/ή άσθματος, αναφυλαξίας) και τα αποτελέσματά της εμφανίζονται συνήθως μετά το πρώτο πεντάμηνο. Η θεραπεία διενεργείται σε επιλεγμένους ασθενείς, βάσει συγκεκριμένων κριτηρίων και όχι σε κάθε ασθενή με θετικές δερματικές δοκιμασίες (αλλεργικά tests).