Εκτός από την άμεσου τύπου αλλεργία, οι τροφές ενδέχεται να προκαλέσουν και χρόνια συμπτώματα από το γαστρεντερικό σύστημα. Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι η κοιλιοκάκη, που προκαλείται από υπερευαισθησία στη γλουτένη των σιτηρών, ενώ συμμετέχει και αυτοάνοσος μηχανισμός. Δημιουργεί βλάβες στο έντερο, με αποτέλεσμα την κακή απορρόφηση των θρεπτικών συστατικών των τροφών, καθυστέρηση ανάπτυξης στα παιδιά, κοιλιακό πόνο και διάρροια.
Άλλο παράδειγμα είναι οι διάφορες ηωσινοφιλικές νόσοι του γαστρεντερικού. Σε αυτές, επιθετικά κύτταρα που λέγονται ηωσινόφιλα συναθροίζονται στην εσωτερική επιφάνεια του οισοφάγου, του στομάχου ή του εντέρου, όπου προκαλούν χρόνια φθορά. Ανάμεσα στα κύρια αίτια περιλαμβάνονται τροφικά αλλεργιογόνα, των οποίων η ακριβής αναγνώριση είναι πολλές φορές δύσκολη και απαιτεί συνδυασμό εξετάσεων.
Το είδος αυτό της γαστρεντερικής αλλεργίας αντιμετωπίζεται σχετικά επιτυχώς με κορτιζονούχα σκευάσματα, αλλά λόγω της χρόνιας διαδρομής της πάθησης, είναι πολύ σημαντικό να εντοπιστούν τα ένοχα τρόφιμα. Με την αποφυγή των υπεύθυνων αλλεργιογόνων μπορεί κανείς να βελτιώσει τα συμπτώματα, αλλά και να μειώσει τις ανάγκες για φαρμακευτική αγωγή.
Τέλος, υπάρχει ένας σχετικά συχνός τύπος τροφικής αλλεργίας που προσβάλλει το γαστρεντερικό σύστημα, κυρίως στην παιδική ηλικία, και χαρακτηρίζεται από την απουσία αντισωμάτων έναντι της υπεύθυνης τροφής (και άρα από αρνητικές αντισωματικές εξετάσεις τύπου RAST).
Η ομάδα αυτή περιλαμβάνει το σύνδρομο εντεροκολίτιδας (FPIES), με κύριο σύμπτωμα τους ακατάσχετους εμέτους λίγες ώρες μετά τη λήψη του τροφικού αλλεργιογόνου, την αλλεργική εντεροπάθεια με διαταραχές στις κενώσεις και ίσως επιβράδυνση στην ανάπτυξη του παιδιού, και την αρκετά συχνή αλλεργική πρωκτοκολίτιδα, που εκδηλώνεται σε βρέφη με βλεννοαιματηρές κενώσεις, συνδέεται με την κατανάλωση πρωτεΐνών του αγελαδινού γάλακτος και έχει πολύ καλή πρόγνωση.
Το κοινό χαρακτηριστικό όλων των παραπάνω αλλεργικών παθήσεων είναι ότι κατά κανόνα δεν προκαλούν συμπτώματα άμεσα, αλλά καθυστερημένα μετά τη λήψη της ένοχης τροφής. Έτσι, είναι δύσκολο για τον ασθενή να προσδιορίσει ποια τροφή φταίει, οπότε και καταφεύγει στον ειδικό ιατρό.